Para el año de 1890 Huerta había alcanzado el grado de coronel y siete años más tarde comenzaría una larga trayectoria en el combate a las rebeliones indígenas que se generaban por todo el país. En diciembre de 1900 combatió a los yaquis en Sonora y en 1902 a los mayas en Yucatán y Quintana Roo. Durante su estancia en el sureste desarrolló cataratas, una enfermedad que lo hostigaría la mayor parte de su vida.
Tras concluir su campaña en la Península de Yucatán Huerta recibió el grado de general brigadier, la Medalla al Mérito Militar y fue nombrado miembro de la Suprema Corte Militar de la Nación gracias a los esfuerzos de su amigo el general Bernardo Reyes, Ex Gobernador de Nuevo León y Secretario de Guerra y Marina. En 1907 pidió permiso por razones de salud y visitó a Reyes en Monterrey, ciudad donde trabajó como jefe de Obras Públicas dos años y medio aplicando sus conocimientos de ingeniería civil en el trazado de las calles. Cuando Reyes fue enviado a Europa en 1909 Huerta decidió regresar a la Ciudad de México y comenzar a impartir clases de matemáticas. Tras estallar la revolución convocada por Francisco I. Madero, Huerta solicitó su reincorporación al ejército y tras la renuncia de Porfirio Díaz, Huerta fue el encargado de escoltar el convoy presidencial de éste al puerto de Veracruz, cosa que a don Porfirio no le agradó del todo pues nunca confió plenamente en él.
Huerta permaneció fiel al ejército durante el gobierno interino de Francisco León de la Barra pero participó en algunas acciones de provocación al ejército rebelde comandado por Emiliano Zapata, lo cual levantó sospechas de insubordinación y tan pronto Madero asumió la presidencia ordenó su dimisión de las fuerzas armadas. Sin embargo, tras la rebelión de Pascual Orozco, Madero reconsideró su decisión y lo puso al mando de las tropas del gobierno federal. Huerta tuvo un desempeño impresionante y se convirtió en un héroe nacional. Mientras perseguía a Orozco rumbo al norte tuvo un altercado con el comandante rebelde Francisco Villa, quien se negó a regresar unos caballos que sus hombres habían robado a las tropas de Huerta. Enfurecido, lo mandó arrestar y ordenó fusilarlo. Los hermanos del Presidente Madero intervinieron y Villa sólo estuvo preso algunos días en la Ciudad de México, lo cual encolerizó a Huerta. Al regresar a la capital ratificó su lealtad al presidente Madero y mientras se sometía a un tratamiento de cataratas Madero lo hizo renunciar.Tras la rebelión de Félix Díaz (en la que participaba su amigo el General Reyes), Huerta declinó las ofertas de los golpistas por temor a sólo ser utilizado. Sin embargo, tras la muerte de Reyes ofreció sus servicios a Madero quien lo volvió a poner al mando del ejército. A los pocos días, Huerta se unió a los sublevados pero fue descubierto por el hermano de Madero, quien lo arrestó y lo acusó frente al presidente. Madero no creyó las versiones y lo puso en libertad, sólo para enterarse dos días después que Huerta lo había traicionado aliado con Aureliano Blanquet, jefe del 29o. Batallón y se autonombraba Jefe del Ejecutivo, obligándolo a renunciar. Huerta y Félix Díaz, aliados con Henry Lane Wilson, embajador de Estados Unidos en México, habían suscrito el Pacto de la Embajada, también conocido como Pacto de La Ciudadela (disponible en wikisource). Al principio Félix Díaz se sorprendió por la noticia, pues el plan inicial era que Díaz ocuparía la presidencia al triunfo de la rebelión. Sin embargo, Huerta logró convencerlo de que lo dejase gobernar de manera interina para pacificar a los maderistas. El 22 de febrero de 1913 Madero y el Vicepresidente José Ma. Pino Suárez fueron arteramente ejecutados.
